300억원 이하·일몰기한 없는 조세특례 항목 의무심층평가 제외
정부가 자체 타당성 판단
[시사저널e=이준영 기자] 300억원 이하 조세특례 항목과 일몰기한이 없는 항목에 대해 관리를 강화해야 한다는 의견이 제기됐다. 정부의 자체적 임의심층평가 결과를 국회에 제출해야 한다는 것이다.
조세특례제한법 시행령에 따르면 해당 연도에 적용기한이 종료되는 사항 중 연간 조세특례금액이 300억원이 넘는 조세특례에 한해서만 심층평가를 의무 시행한다. 반면 적용기한이 없는 항목과 연간 조세특례금액 300억원 이하 항목은 의무심층평가 대상에서 제외하고 정부가 자체적으로 선정해 임의심층평가 한다. 그 결과는 국회에 제출하지 않는다.
그러나 조세특례금액 300억원 이하거나 일몰기한이 없어도 임의심층평가 결과를 국회에 제출해 투명성을 높이고 관리를 강화해야 한다는 의견이 제기됐다.
4일 국회예산정책처 관계자는 “일몰기한이 없거나 조세특례금액 300억원 이하 항목에 대해 정부는 부처 자체평가 및 임의심층평가를 수행한다”며 “합리적으로 조세지출이 이뤄지기 위해 임의심층평가 결과도 의무심층평가 결과처럼 국회에 제출하는 방안을 검토해야 한다”고 밝혔다.
최근 국회예산정책처의 추계&세제 이슈 15호에 실린 ‘우리나라 조세지출 관리체계 현황 분석’에 따르면 올해 일몰이 도래하는 조세특례금액 100억원 이상 300억원 이하 항목 5개 가운데 3건이 제도 도입 후 10년 이상 지속적으로 일몰이 연장됐다.
여기에는 최근 농업회사법인에 대한 법인세 면제 등 논란이 되는 항목도 포함돼있다. 농업법인과 개인의 농지를 활용한 투기가 만연하면서 사회적 물의를 일으켰다. 1991년 도입된 농업법인의 법인세 면제 제도는 현재까지 유지되고 있다. 올해 조세지출액 전망치는 183억원 규모다.
예산정책처 관계자는 “정부가 농업법인의 법인세 면제 항목의 타당성에 대해 이번에 임의심층평가를 진행한다고 한다. 다행히도 이번에 정부는 조세특례금액 300억원 이상인 농업조합법인에 대한 법인세 면제 평가도 묶어서 평가하기에 국회에 그 결과를 제출할 것으로 본다”며 “그러나 기본적으로 300억원 이하 항목은 임의심층평가 대상 선정 여부가 정부에 달려있고, 그 임의심층평가 결과도 국회에 제출하지 않는다”고 말했다.
이 외에 올해 일몰이 도래하는 연간 조세특례 금액 100억원 이상 300억원 이하 항목은 ‘연구개발특구에 입주하는 첨단기술기업 등에 대한 법인세 등의 감면(2007년 도입)’, 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례(2008년 도입) 등이 있다. 올해 조세지출액 전망치는 각각 109억원, 277억원이다. 이 외에 천연가스 버스에 대한 부가가치세 면제 항목과 위기지역 내 창업기업 세액감면도 올해 일몰이 도래한다.
조세지출규모가 300억원이 넘지만 일몰기한이 없어 의무심층평가 대상에서 제외되는 항목은 46건이었다. 이 가운데 정부가 적극적 관리대상으로 식별한 조세지출 항목은 26건이다. 정부는 이들 항목에 대해서는 부처 자체평가와 임의 심층평가를 수행한다. 나머지 20개의 항목은 정부의 적극적 관리 대상에 빠져있다.
예산정책처 관계자는 “현행 심층평가 위주의 조세특례 성과관리 제도는 개별 항목 중심으로 이뤄지고 있어 총체적 관점에서 조세지출을 축소하는데는 한계가 존재한다”며 “조세지출 감축의 목표수준을 정하고 제도간 우선순위를 정해 조세지출 규모를 감축하는 통합적 계획 마련이 필요하다”고 언급했다.