-기재부·조세硏, 국회에 ‘조세특례 심층평가’ 보고서 제출…1안 폐지, 2안 점진적 축소 -창업중소기업 세액감면·중소기업 사회보험료 세액공제 제도는 ‘유지’ 의견
정부가 올해 일몰이 도래하는 연구개발(R&D) 설비투자 세액공제 제도를 폐지해야 한다는 의견을 국회에 보고했다. 투자를 유인하는 실질적 효과가 낮다는 이유에서다.
기획재정부와 한국조세재정연구원은 10일 이 같은 내용을 담은 '조세특례 심층평가' 보고서를 비공식적으로 국회에 제출했다. 국회를 통해 입수한 이 보고서에 따르면 기재부는 "R&D 설비투자 세액공제 제도에 대한 타당성 및 효과성을 평가한 결과 일관되게 효과가 낮다는 것을 보여주고 있어 폐지를 우선 건의한다"고 밝혔다.
R&D 설비투자 세액공제 제도는 기업의 연구개발을 촉진시키기 위해 지난 1975년 도입된 후 수차례 개정돼 왔으며, 올해 일몰이 도래한다. 이 제도를 통해 기업들이 공제받은 세금은 2002년 약 220억원에 그쳤으나 2000년대 후반 약 1000억원까지 증가한 뒤 지난해 처음 2000억원을 돌파할 것으로 예상된다. 특히 조세지출예산서에 따르면 금액 기준으로 약 96.5%(2013년 기준)의 혜택이 대기업에 집중됐다.
정부는 기업의 연구 개발을 촉진하는 실질적 효과가 낮다고 판단해 해당 제도의 폐지를 건의했다. 실제로 2007년부터 2013년까지 해마다 1000억원 수준의 조세 혜택이 주어졌지만 기업의 R&D 설비투자를 진작시키는 효과를 발휘하지 못했다. 유사한 세액공제 제도와 중복된다는 점도 작용했다.
조세연구원이 올해 4월 현대리서치연구소를 통해 실시한 실태조사에서도 대기업의 79%, 중견기업의 73%는 이 세액공제 제도가 없어도 R&D 설비투자를 줄이지 않았을 것이라고 답변했다. 2014년 공제율이 축소된 이후에도 전체 기업의 84.2%는 투자금액이 줄지 않았다고 답변했다.
기재부 관계자는 "제도가 오랫동안 시행돼 즉각 폐지가 시장에 충격을 줄 수도 있다고 판단될 경우 점진적인 축소 운영 및 폐지를 2안으로 제시한다"며 "추가적으로 공제율을 낮춰야 하는지, 폐지 시기는 언제로 할 것인지에 대한 의사결정이 필요하다"고 덧붙였다.
한편 기재부는 1200억원 규모 창업중소기업 세액감면, 380억원 규모 중소기업 사회보험료 세액공제 제도 등에 대해선 '유지' 의견을 제출했다.
반면 중소기업 투자세액 공제와 신성장동력 연구개발비 세액공제, 중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 제도에 대해선 제도 개선이 필요하다고 밝혔다.