중부청 세무조사 확대?...관할 제약사들 촉각

[시사저널e=이상구 의약전문기자] 올 들어 제약사 2곳이 당국으로부터 세무조사를 받은 가운데 중부지방국세청 역할과 대원제약 조사 결과에 관심이 쏠리고 있다.

16일 관련업계에 따르면 JW중외제약은 2021~2024년 법인세 등 조사에 따라 중부지방국세청으로부터 추징세액(추징금) 211억원을 부과 받았다. 통보 받은 추징세액은 JW중외제약 자기자본인 3295억원의 6.40%에 해당한다. 참고로 추징세액이 자기자본의 5% 금액 이상이면 상장사는 공시 대상이다. 납부기한은 이달 30일까지다. JW중외제약은 올해 세무조사를 받았으며 정기세무조사라고 밝혔다. 이번 추징세액은 JW중외제약의 2분기 당기순이익에 영향을 줄 전망이다. 

업계가 주목하는 부분은 조사 주체가 중부국세청이란 점이다. 경기도 일부와 강원도를 관할지역으로 하는 중부국세청은 제약사들과 인연이 많은 편이다. 경기 화성시 향남읍에 제약공단이 소재해 있어 본사를 이곳으로 하는 업체들과 본사를 경기도로 이전한 업체들이 중부청 관할인 것이다. 복수의 업계 소식통은 그동안 제약사를 대상으로 한 중부청 조사가 비교적 꼼꼼하게 진행됐다고 전했다.

중부청으로부터 세무조사를 여러 차례 받아 적지 않은 추징세액을 납부한 업체로는 대웅제약이 꼽힌다. 대웅제약은 지난 2010년 284억원, 2014년 124억원, 2018년 세무조사 후에는 153억원 추징세액을 납부한 것으로 알려졌다. 단, 2010년 조사는 서울지방국세청으로부터 받았다. 특히 8곳 이상 제약사가 세무조사를 받은 지난해도 대웅제약은 조사를 받은 것으로 알려졌다. 

당시 업계는 대웅제약 추징세액에 관심을 표명했는데 파악된 금액은 289억원 이하로 분석된다. 실제 대웅제약의 지난해 2분기 법인세는 289억원으로 확인됐는데 직전년도 2분기 32억원에 비해 급증한 수치다. 국세청 세무조사 경력 20년의 세무사는 “통상 기업 법인세는 해당 기간 실적에 대한 법인세와 세무조사 추징세액으로 구분되기 때문에 법인세 전체를 추징세액으로 판단할 수 없다”며 “납부하지 않더라도 추징세액 통보 시점을 기준으로 포함된다”고 설명했다. 지난해 대웅제약 법인세도 332억원으로 집계돼 2023년 20억원에 비해 급증한 것으로 확인된다. 

최근 제약 세무조사의 또 다른 이슈는 JW중외제약에 이어 두 번째로 조사를 받은 것으로 파악되는 대원제약이다. 서울지방국세청 조사4국은 3월 13일 대원제약을 대상으로 조사에 착수한 바 있다. 이번 조사 핵심은 CSO(영업대행사)와 관계로 파악된다. 서울국세청 요원들이 대원제약 관계사인 대원바이오텍(구 다나젠)을 대상으로 3월 13일 조사에 나선 것이다. 제약사 본사와 CSO 관계에 대해 서울청이 직접 나섰으니 제약업계와 CSO업계가 주목한 것은 당연했다. 

하지만 3월 시작돼 6월 30일 종료를 예정으로 진행된 이번 조사는 현재로선 다른 업체들과 유사한 수준으로 조용하게 마무리되는 상태로 알려졌다. 퇴직자 등 대원제약에 정통한 복수의 소식통에 따르면 실질 조사는 지난달 상당 부분 마무리됐고 서류작업만 남았다는 전언이다. 이같은 분위기는 상대적으로 대원제약 CSO업체들에서 강하게 파악되는 분위기다. 공식 조사 종료일인 이달 30일 이후 연장하는 방안도 완전하게 배제할 수 없지만 현재로선 마무리 가능성이 관측된다는 것이다. 

익명을 요청한 CSO업계 관계자는 “이번 조사에서 당국이 관행보다 많은 자료를 요청한 점 외에 현재로선 특이사항이 없는 수준”이라며 “그동안 세무조사를 적지 않게 지켜봤는데 최소한 대원제약 CSO업체들은 무난하게 마무리되는 상태로 파악된다”고 말했다. 결국 상반기가 끝나는 오는 30일까지는 JW중외제약의 추징세액 납부와 대원제약 세무조사가 마무리될 가능성이 관측되는 상황으로 요약된다. 또한 관할지역에 다수 제약사를 보유한 중부청이 향후 세무조사에서 어떤 역할을 할지 주목된다.