약계, 세무조사 여파에 촉각···‘대원제약’ 본사에 쏠리는 관심

3월 중순부터 대원제약·관계사 대상 조사···유통·CSO업계 주목 대원바이오텍 서비스매출 307억···대원 지급수수료 442억과 비교 업계 “현재 세무조사 방향 본사” 추정···CSO업계에도 여파 예상

2025-04-17     이상구 의약전문기자

[시사저널e=이상구 의약전문기자] 약업계가 세무조사에 촉각을 곤두세우고 있는 가운데 대원제약 조사가 본사에 집중되는 것으로 알려지며 향후 추이에 업계 관심이 쏠리고 있다. 

17일 관련업계에 따르면 지난해부터 세무조사가 약업계 이슈로 거론돼왔다. 지난해만 최소 8곳 이상 제약사가 세무당국으로부터 조사를 받은 것으로 집계됐다. 의약품 유통업체와 CSO(영업대행사)에게도 세무조사는 최대 이슈로 파악된다. 특히 의약품처럼 눈에 보이는 물품이 아니라 무형의 서비스를 대상으로 과세하는 것이어서 CSO 취약점이 세무라는 분석도 있다. CSO업계 관계자 A씨는 “지난해 10월 CSO 신고제가 도입되며 공식화됐음에도 불구하고 CSO를 제약사 비자금 조성 창구나 리베이트 제공 수단으로 인식하는 분위기가 남아 있다”며 “수수료율이 일부 높은 것은 사실이지만 오해가 큰 편”이라고 말했다. 

서울시 금천구 가산동 소재 대원바이오텍 사무실. / 사진=시사저널e

이같은 상황에서 서울지방국세청 조사4국이 3월 13일 대원제약을 대상으로 세무조사에 착수한 것이 업계 주목을 받았다. 대원제약 사례는 올해 첫 세무조사로 알려졌다. 특히 업계는 대원제약과 거래 있는 CSO가 조사 받은 사실을 주목했다. 해당 업체는 대원바이오텍(구 다나젠)이다. 복수의 업계 소식통에 따르면 대원바이오텍은 지난 2015년 12월 의약품 제조 및 판매업 등을 사업목적으로 해 설립된 대원제약 관계사다. 지난해 말 기준 대원제약이 27.58% 지분을 갖고 있는 대원바이오텍은 대원 품목을 수탁받아 영업하는 CSO이며 CSO에 재위탁하는 역할을 수행한다. 

대원제약 영업에 정통한 제약업계 관계자 B씨는 “대원제약이 직접 생산한 ‘제품’이나 구매한 ‘상품’ 60여개 품목 영업을 대원바이오텍에 위탁하고 있다”며 “이중 일부 품목을 대원바이오텍은 직접 영업하며 나머지 품목은 다른 CSO에 재위탁하는 시스템”이라고 분석했다. 이어 B씨는 “대원바이오텍이 재위탁하며 관리하는 CSO는 100여곳으로 추산된다”며 “개인 CSO는 없고 모두 법인”이라고 덧붙였다. 대원제약 매출 중 CSO로 발생하는 부분은 대략 10% 가량으로 추산된다. 

그래픽=김은실 디자이너

당초 CSO로 출발한 대원바이오텍은 현재 소재한 서울시 금천구 가산동 사무실에서 제산제 ‘알마게이트’를 생산하는 제약사이기도 하다. 20여개 제약사에 70여종 의약품 생산을 위탁하는 상황으로 알려졌다. 직원 숫자는 40여명으로 전해졌다. 대원바이오텍의 2024년 매출은 566억원이며 영업이익은 43억원이다. 이중 대원바이오텍이 대원제약을 상대로 수수료 등을 명목으로 올린 서비스매출은 307억원이다. 이같은 수치는 대원제약의 지난해 지급수수료 442억원 중 상당 부분을 점유하는 것으로 분석된다. 

제약업계 관계자 C씨는 “대원바이오텍의 대원제약 상대 서비스매출 전체가 영업대행 수수료는 아닌 것으로 판단되며 대원제약 지급수수료 전체가 CSO에 지급한 수수료는 아니다”라며 “하지만 관련 수치를 비교 분석하면 전반적 흐름이 짐작된다”고 말했다. 이처럼 대원제약과 관계사에 대한 세무조사가 한 달을 경과함에 따라 조사 방향이 본사 위주로 진행되고 있다는 업계 소식통 전언이다.

익명을 요청한 제약업계 관계자 D씨는 “향후 방향이 변경될 수 있지만 현재로선 조사 핵심이 대원제약을 중심으로 진행되는 것으로 볼 수 있다”며 “가능한 인맥을 동원해 파악하고 있다”고 말했다. 제약업계 관계자 E씨는 “조만간 대통령선거가 예정돼있는 등 어수선한 분위기에서 올 첫 세무조사가 발생했는데 조사 핵심이 CSO인지 본사인지 다른 제약사들이 궁금해하는 것은 당연하다”며 “다음 조사 대상이 우리 회사가 아니라는 보장도 없지 않느냐”고 반문했다. 

결국 3월 중순 개시된 대원제약 세무조사 방향은 다른 제약사들에게도 일부 영향을 줄 전망이다. 특히 CSO 조사 결과는 다른 법인에게 주는 여파가 클 수 있다는 점에서 주목된다.