실질과세 vs 엄격해석 ‘충돌’…심판원 “등록하지 않은 농업경영법인의 법인세 감면 거부는 부당하지 않아”
세금 감면을 받기 위해서는 현행 세법이 정한 요건을 갖춰야 한다. 보통 이 경우 증빙서류를 제출해야 인정받는 경우가 많다. 예를 들어, 연말정산에서 부양가족에 대한 기본공제를 받기 위해서는 주민등록등본과 가족관계증명서를 증빙서류로 제출해야 한다. 실제 가족이며 부양하고 있는지 여부를 확인하기 위해서다.
이 경우 필수 증빙서류를 제출하지 않았다고 해서 가족관계가 부정되는 것은 아니다. 그렇다면 여기에서 한 가지 의문이 제기된다. 세법이 말하는 실질과세원칙과 충돌할 수밖에 없다는 것이다. 실제 가족이면 굳이 서류를 제출하지 않아도 세금감면을 적용 받아야 된다는 주장이다.
실제 이와 비슷한 사건이 최근 조세심판원의 판단을 받았다.
현행 조세특례제한법(조특법)은 올해 말까지 식량작물재배업소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 작물재배업에서 발생하는 소득에 대해 법인세를 면제한다. 이를 적용받기 위해서는 세액감면신청서, 면제세액계산서(이월과세적용신청서), 농어업경영체 등록확인서를 납세지 관할세무서장에게 제출해야 한다.
농업경영체 A법인은 2016년 귀속분 법인세를 신고하면서 법인세 감면 신청을 했다. 그런데 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다.
농업경영체 등록은 농업인이나 농업법인이면 누구나 신청할 수 있다. 농업인은 주민등록지, 농업법인은 주사무소의 소재지 국립농산물 품질관리원에서 등록 신청이 가능하다.
과세관청이 법인세 감면 신청을 거부하자 A법인은 “농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 면제대상이 아니라는 처분청 의견은 실질과세의 원칙에 비춰 부당하다”고 맞섰다.
납세자의 실질과세원칙에 당시 과세관청은 엄격해석 원칙을 들이댔다. 과세관청은 “시행령은 농업경영체 등록 후 그 등록확인서를 제출하도록 명시하고 있다”면서 “ 당초부터 감면요건을 충족하지 않아 감면이 배제되는 것이 당연함에도 ‘감면신청’과 ‘경영체등록’을 동일한 성격으로 보아 감면을 적용하여 달라는 주장은 과도한 확장해석”이라고 주장했다.
조세심판원은 “농업경영체 등록확인서는 과세관청의 감면세액 결정에 협력하기 위하여 제출하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서와는 달리 감면요건을 충족하는 농업회사법인에 해당하는지 여부를 확인하기 위한 것”이라며 “등록확인서의 제출이 없는 경우까지 법인세를 감면할 수 있다고 해석하는 것은 무리가 있다”며 과세관청의 손을 들어줬다.
